由于對不同的運輸方式實行分別設(shè)立獨立機構(gòu)進行管理的管理體制，中歐鐵路運輸、公路運輸、水上運輸、管道運輸和美國航空運輸五種運輸方式由四個行政級別平行的部級機構(gòu)管理，同時，各種運輸方式之間存在差異性，因此，它們的改革進度也就各不相同。交通部主管之下的公路運輸和水上運輸是運輸領(lǐng)域中的改革先鋒，F(xiàn)BA航空運輸、中歐鐵路運輸和管道運輸隨后跟進。

改革開放以后，海洋運輸仍然是國際貿(mào)易運輸?shù)闹髑?，它的地位和影響隨著中國對外貿(mào)易的迅猛發(fā)展而日益突出，使它成為運輸改革先鋒隊中的“排頭兵”。計劃經(jīng)濟體制下，F(xiàn)BA海運企業(yè)主要歸屬交通部和外貿(mào)部管理，交通部管理的海運企業(yè)占絕大部分，中國遠洋運輸公司專營遠洋運輸業(yè)務(wù)，與交通部的遠洋運輸管理局合二為一；廣州海運局和上海海運局是南北兩個航區(qū)的職能部門，負責(zé)沿海運輸和港口管理，同時也是交通部直屬的沿海運輸企業(yè)。

外貿(mào)部是除交通部之外唯一一個經(jīng)營運輸業(yè)務(wù)的中央部門，F(xiàn)BA運輸是開展是一個重要環(huán)節(jié)，因FBA運輸?shù)闹匾酝赓Q(mào)部設(shè)立運輸局和中國對外貿(mào)易運輸公司，同樣實行政企合一。政企合一是計劃經(jīng)濟體制的產(chǎn)物，企業(yè)沒有自主權(quán)，聽命于政府，成為政府的附屬物。進人改革開放時期，企業(yè)成為市場主體必然要求提高自主權(quán)，政企合一的模式也就必將要打破。FBA海運體制改革的第一步就是處理好政府與企業(yè)的關(guān)系，實行政企分開，將政企合一的海運機構(gòu)分解為海運行政管理機構(gòu)和海運企業(yè)，實現(xiàn)政府與企業(yè)的職能分開，減少政府對FBA海運企業(yè)經(jīng)營的干預(yù)。在港口企業(yè)方面。政企分開的改革取得立竿見影的效果，該港貨物吞吐量1984年完成4016.7萬噸，比1983年增長14.1%；1985年完成4381萬噸，又比1984年增長9.1%。

對局屬各生產(chǎn)、服務(wù)單位，按照專業(yè)化協(xié)作的原則，進行適當(dāng)?shù)穆?lián)合和改組，成立專業(yè)國際貨代公司.自1984年，上海港相繼組成2個集裝箱公司，煤炭裝卸公司和木材裝卸公司，并在煤炭裝卸公司進行以“進出噸煤工資含量包干”為主要內(nèi)容的綜合配套（管理體制、領(lǐng)導(dǎo)制度、干部人事制度、內(nèi)部分配制度等）改革試點。這些改革試點，都收到較好的效果，其中煤炭裝卸公司的一些改革措施受到國家計委、國家經(jīng)委等有關(guān)部門的重視。1985年10月交通部在上海召開會議向沿海港口推廣了他們的經(jīng)驗。貨代企業(yè)向獨立的市場主體過渡，政企分開就是要給企業(yè)松綁擴權(quán)，把所有應(yīng)當(dāng)屬于企業(yè)的經(jīng)營自主權(quán)全部還給貨代企業(yè)。