經(jīng)過20世紀80年代海運體制的改革和國際海運市場的開放，在海運經(jīng)濟中政府力量收縮，市場力量擴大。進入90年代以后，政府職能進一步調(diào)整，政府作用的重點在于對FBA頭程海運經(jīng)濟的宏觀調(diào)控而市場體系進一步完善，市場對海運經(jīng)濟初步發(fā)揮資源配置的基礎(chǔ)性作用。

關(guān)于政府的作用

在亞馬遜頭程海運市場開放十余年之后，市場的盲目性和滯后性逐漸凸顯，中國政府通過對運力和港口進行調(diào)控，降低市場失靈對海運經(jīng)濟帶來的損失程度。在該時期，中國政府改變以往直接干預(yù)海運企業(yè)微觀具體的管理和生產(chǎn)的做法，轉(zhuǎn)向“抓大放小”，僅直管數(shù)家大型企業(yè)，將工作重心轉(zhuǎn)移到全行業(yè)的管理之上，這有利于中國行業(yè)競爭力的增強，以及為國際海運業(yè)市場化的順利推進提供保障。除此之外，政府對于FBA頭程海運市場的統(tǒng)一與開放發(fā)揮不可替代的作用。

第一，在國際海運市場統(tǒng)一方面。兩岸三通既是中國的重大政治事件，也是海運事業(yè)的重大事件。

在該時期，兩岸的經(jīng)濟增長率都很高，雙方的貿(mào)易關(guān)聯(lián)度也越來越高，潛在的國際海運量巨大，只因政治的藩籬割裂了兩岸的航線。自1979年起，中國政府一直推進海峽兩岸的海運通航事業(yè)。由于臺灣當(dāng)局在FBA海運方面仍實行“三不”政策（不接觸、不談判、不妥協(xié)），中國大陸與臺灣地區(qū)不能直接通航。在此背景下，兩岸的海運一般通過兩種途徑解決：第一，臺灣地區(qū)與中國大陸之間的進出口業(yè)務(wù)以三角貿(mào)易形式進行，且必須經(jīng)由第三地港口轉(zhuǎn)運，日本、韓國和中國香港成為中國臺灣地區(qū)與中國大陸貿(mào)易主要的中轉(zhuǎn)地；第二，中國臺灣地區(qū)和中國大陸的頭程海運企業(yè)將船舶移籍國外成為方便旗船，交由國外公司經(jīng)營，此類船舶均可以?？恐袊_灣地區(qū)和中國大陸的港口。

長期以來，以第一種方式為主，第二種方式較少采用，中國遠洋運輸公司曾將部分船舶交付給注冊在巴拿馬、馬耳他和塞浦路斯等方便旗大國的公司使用，由設(shè)立在中國香港的著名公司如Para-kou,TatOn和YiekFung來經(jīng)營管理。90年代中國大陸的目標(biāo)是海峽兩岸“雙向直航”。在海峽兩岸的共同努力下，海峽兩岸定點直航取得了重大突破，1997年4月19日福建省廈門輪船總公司的一艘掛圣文森方便旗的輪船從廈門開往高雄；4月24日，臺灣立榮國際海運公司的一艘輪船從高雄駛向廈門，標(biāo)志兩岸定點直航雙向開通。此次的定點直航僅局限于國際貿(mào)易中轉(zhuǎn)的集裝箱運輸，在此之后中國政府堅持不懈地破除種種限制，為實現(xiàn)兩岸無障礙直航努力。